Przedoperacyjna diagnoza łagodnych guzowatych tarczycy z nieokreśloną cytologią AD 4

Stwierdzono, że jedna dodatkowa próbka ma niewystarczającą integralność referencyjną do włączenia, ponieważ eksperci w dziedzinie patologii nie mogli niezależnie potwierdzić, że guzek pobrany ultrasonograficznie odpowiadał tkance przedłożonej do analizy histologicznej. W związku z tym 47 próbek zostało wykluczonych z analizy pierwotnej. (Przyczyny wykluczenia są szczegółowo opisane w dodatkowym dodatku.) Dane dotyczące ekspresji genów są dostępne na stronie internetowej Gene Expression Omnibus (www.ncbi.nlm.nih.gov/geo) pod numerem dostępu GSE34289. Metody laboratoryjne
Szczegółowe opisy testu mikromacierzy, szkolenie klasyfikatora ekspresji genów oraz przypisywanie genów używanych przez klasyfikator znajdują się w dodatkowym dodatku i we wcześniejszych raportach.23 Wszystkie próbki szkoleniowe były niezależne od zestawu walidacyjnego używanego w tym badaniu. i zawierał próbki tarczycy z określonymi diagnozami reprezentującymi jedną z dwóch klas: łagodną lub złośliwą. Zablokowany algorytm wykorzystuje ekspresję 167 genów, aby sklasyfikować zasysany materiał z guzków tarczycy jako łagodny lub podejrzany. W głównym klasyfikatorze znajduje się 142 genów (łagodny lub podejrzany) i 25 genów, które początkowo odfiltrowują rzadkie nowotwory, gdy próbka jest przetwarzana przez krokowy algorytm diagnostyczny w serii kaset . Do wyboru cech zastosowano podejście modelowania liniowego, do klasyfikacji została użyta maszyna wektor-nośnik.
Analiza statystyczna
Analizę statystyczną przeprowadzono przy użyciu oprogramowania R, wersja 2.13. Zmienne ciągłe analizowano za pomocą testu t Studenta i testu sumy rang Wilcoxona. Zmienne kategoryczne analizowano za pomocą dokładnego testu Fishera, a procedurę Holma zastosowano do skorygowania powiązań testowych z wieloma zmiennymi klinicznymi. Czułość, swoistość oraz ujemne i dodatnie wartości predykcyjne zostały obliczone przy użyciu ustalonych metod.26 Dwustronne wartości P mniejsze niż 0,05 uważano za wskazujące na istotność statystyczną. Przedziały ufności dla proporcji podano jako dwustronne dokładne dwumianowe 95% przedziały ufności.
Wyniki
Charakterystyka pacjentów i guzków
Aby niezależnie zweryfikować wyniki uzyskane za pomocą klasyfikatora ekspresji genów, prospektywnie zebraliśmy 4812 aspiratów guzkowych od 3789 pacjentów w 49 klinicznych ośrodkach w Stanach Zjednoczonych w okresie 19 miesięcy. Spośród 4812 próbek 577 było nieokreślonych (12%); w przypadku 413 z 577 próbek wykonano następnie resekcję, umożliwiając ślepe badanie histopatologiczne w celu zdefiniowania wzorca odniesienia. Z wyciętych próbek 25 zostało wykorzystanych do szkolenia klasyfikatora i analitycznych badań weryfikacyjnych, a 10 zostało uznanych za niekwalifikujących się (4, ponieważ pacjent był młodszy niż 21 lat, 3 ponieważ próbki nie zostały odebrane w stanie nienaruszonym, 2 ponieważ rozmiar guzka był <1 cm, a z powodu odchylenia protokołu w momencie rejestracji); wszystkie 35 zostały wyłączone z ostatecznej analizy.
Korzystając z predefiniowanych metryk kontroli jakości w laboratorium, z powodzeniem przetworzyliśmy 328 próbek w teście, co dało prawidłowe wyniki klasyfikatora
[patrz też: dretwienie prawej reki, opuszka dwunastnicy, wydzielina z pępka ]